Hoe te Sequence converteren naar Fasta

Hoe te Sequence converteren naar Fasta

Één gemeenschappelijk doel in het medisch onderzoek gaat identificatie van fouten, of mutaties in DNA-sequentie dat genetische gerelateerde ziekten kunnen veroorzaken. Technologie en informatica hebben geavanceerde genetisch onderzoek naar een niveau waar duizenden sequence gegevens tegelijkertijd kunnen worden geanalyseerd. Een bepaling van de nieuwere software is voorafgaande omzetting van sequence data in FASTA formaat. FASTA lijkt op eenvoudige tekstformaat. Hiermee meerdere stukken data worden verzameld in een enkel bestand en versnelt analyse. Echter, de meeste instrumenten genereren reeks bestanden in tekstformaat. Het omzetten van tekst naar FASTA formaat is een eenvoudig proces met behulp van tekst-editor software.

Instructies

•  Open de aangewezen DNA-sequentie tekstbestand met behulp van tekst-editing programma. Dit zou Text Editor voor Macintosh en Note Pad voor Windows-compatibele systemen. Originele sequentie tekstbestanden kan een alternatieve extensie zoals seq voor gegevens die op een Applied Biosystems geautomatiseerde genetische analyse.

•  Begin met de eerste lijn door te typen> gevolgd door een opeenvolging identifier. De groter dan symbool verwijst FASTA formaat voor programma's die FASTA gegevens te analyseren. Er zijn geen specifieke regels met betrekking tot de identificatie, zolang er geen spaties. Een voorbeeld van een aanvaardbare vermelding voor de eerste lijn> Cat_Isomerase_Exon3.

•  Druk op de toets "Terug" om een regeleinde te maken en beginnen met de tweede lijn.

•  Begin sequence data op lijn twee. Richtlijnen FASTA formaat vereisen DNA tekstgegevens volgende IUPAC, IUPAC, codes. Elke lijn is beperkt tot 80 tekens die 80 DNA-basen en kan hoofdletters of kleine letters zijn. Een aanvaardbare binnenkomst inclusief gemengde bases is AGCTTCGTGG ... CVTGCGTTGT.

•  Druk op de toets "Return" op de volgende regel van sequence data beginnen. Elke regel moet bestaan ​​uit 80 basen vertegenwoordigd door de IUPAC-code.

•  Sla het bestand met behulp van de txt-bestand extensie of passend FASTA bestandsextensie. Programma's die FASTA verwerken geformatteerde gegevens vereisen vaak een FASTA bepaald toestel zoals de Wft, fna, ffn of FRN.